根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》(国家税务总局公告2020年第1号)文件第四条规定，纳税人同时丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证;纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。本公告自发布之日起施行。《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(2014年第19号，国家税务总局公告2018年第31号修改)第三条同时废止。

因此，纳税人丢失增值税专用发票部分联次应按上述政策进行处理。（数据来源：国家税务总局福建省税务局）