根据《财政部税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部税务总局公告2022年第22号）第三条规定：“关于计税依据、补税和退税的具体情形：（一）应税合同、应税产权转移书据所列的金额与实际结算金额不一致，不变更应税凭证所列金额的，以所列金额为计税依据;变更应税凭证所列金额的，以变更后的所列金额为计税依据。已缴纳印花税的应税凭证，变更后所列金额增加的，纳税人应当就增加部分的金额补缴印花税;变更后所列金额减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。  （二）纳税人因应税凭证列明的增值税税款计算错误导致应税凭证的计税依据减少或者增加的，纳税人应当按规定调整应税凭证列明的增值税税款，重新确定应税凭证计税依据。已缴纳印花税的应税凭证，调整后计税依据增加的，纳税人应当就增加部分的金额补缴印花税;调整后计税依据减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。”

因此，只有属于应税合同、应税产权转移书据所列的金额与实际结算金额不一致或应税凭证列明的增值税税款计算错误的情形，才可以按照补充协议中列明的不含税金额作为印花税计税依据，依法申请退税。