根据《财政部国家税务总局关于明确金融房地产开发教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税〔2016〕140号）第八条规定：“房地产开发企业(包括多个房地产开发企业组成的联合体)受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。1.房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司;2.政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变;3.项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。”

因此，股权变更后就不符合上述条件，项目子公司不可以扣除土地价款。